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Ubuntu で pyenv, Anaconda 5.2.0, Python 2.7.15, 各種パッケージのインストール

ここで行うこと. pyenv をインストールする.pyenv の配下に Anaconda 5.2.0 (Python 3.6 同封)、Python 2.7.15 をインストールする.それらにパッケージを追加する.

目次

  1. 前準備 (preparation)
  2. pyenv のインストールと設定 (Install pyenv, and its settings)
  3. pyenv を用いて Anaconda 5.2.0 のインストール
  4. pyenv を用いて Python 2.7.15 のインストール
  5. pyenv の確認 (Examine pyenv)
  6. pyenv の Anaconda 5.2.0 環境での各種パッケージのインストール
  7. pyenv の Anaconda 5.2.0 環境で spyder 開発版 のインストール
  8. pyenv の Anaconda 5.2.0 環境で SWIG を使ってみる
  9. Python 3.6 系での既知のバグ
  10. pyenv の Python 2.7.15 環境での各種パッケージのインストール
  11. (オプション) Ubuntu 版 Graphviz のインストール (Optionally, Install Graphviz for Ubuntu)
  12. Python パッケージのインストール (Install / Upgrade Recommended Python Packages)

サイト内の関連 Web ページ:


前準備

Ubuntu のシステム更新

Ubuntu のシステム更新を終わっておくこと

端末を開き、次を実行

sudo apt update
sudo apt -yV upgrade
sudo apt -yV dist-upgrade
sudo apt -yV autoremove
sudo apt autoclean
sudo shutdown -r now

Ubuntu でのビルドに有用なソフトウエアのインストール

次のコマンドを実行.

sudo apt -yV install build-essential gcc g++ dpkg-dev pkg-config python3-dev python3-pip python3-numpy python-dev python-pip python-numpy 
sudo apt -yV install git make cmake cmake-curses-gui autoconf automake flex bison clang binutils curl
sudo apt -yV install libopenblas-dev liblapack-dev nvidia-cuda-dev 
sudo apt -yV install nvidia-cuda-toolkit 
sudo apt -yV install libxi-dev libsndfile1-dev libopenexr-dev libjpeg-dev libalut-dev libsdl-dev libavdevice-dev libavformat-dev libavutil-dev libavcodec-dev libswscale-dev libx264-dev libxvidcore-dev libmp3lame-dev libspnav-dev libglu1-mesa-dev libv4l-dev
sudo apt -yV install libbz2-dev libsqlite3-dev libssl-dev libreadline-dev libpng-dev libjpeg-dev libtiff-dev zlib1g-dev libx11-dev libgl1-mesa-dev libxrandr-dev libxxf86dga-dev libxcursor-dev libfreetype6-dev libvorbis-dev libeigen3-dev libopenal-dev libode-dev libbullet-dev libgtk2.0-dev
sudo apt -yV install libgtk-3-dev libatlas-base-dev gfortran 
sudo apt -yV install nvidia-cg-toolkit 

pyenv のインストールと設定 (Install pyenv, and its settings)

  1. git のインストール (Install git)
    sudo apt -yV install git
    

  2. pyenv のダウンロード (Download pyenv)
    cd /tmp
    git clone https://github.com/pyenv/pyenv.git ~/.pyenv
    

  3. pyenv の更新 (Updata pyenv)
    cd ~/.pyenv
    git pull
    

  4. pyenv の設定 (Settings of pyenv)
    echo 'export PYENV_ROOT="${HOME}/.pyenv"' >> ~/.bashrc
    echo 'if [ -d "${PYENV_ROOT}" ]; then' >> ~/.bashrc
    echo '    export PATH=${PYENV_ROOT}/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
    echo '    eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.bashrc
    echo 'fi' >> ~/.bashrc
    exec $SHELL -l
    


pyenv を用いて Anaconda 5.2.0 のインストール

  1. 新しく端末を開く

  2. インストールするPython のバージョンの確認 (decide the version)
    pyenv rehash 
    pyenv install -l 
    

  3. Anaconda の前提ソフトウエアのインストール (Install libraries)
    sudo apt -yV install libbz2-dev libsqlite3-dev libssl-dev libreadline-dev libpng-dev libjpeg-dev zlib1g-dev libx11-dev libfreetype6-dev
    

  4. インストールできる Anaconda のバージョンの確認 (Anaconda Versions)
    pyenv install -l | grep anaconda 
    

  5. Anaconda の最新版のインストールと設定 (Install Anaconda latest version)

    下の実行例では anaconda3-5.2.0 をインストールしている

    pyenv install anaconda3-5.2.0 
    

  6. 確認 (Examine the python versions)
    pyenv versions
    

    anaconda3-5.2.0」がインストールされたことが分かる

  7. 試しに、anaconda3-5.2.0 のPython を起動してみる (Try to launch anaconda3-5.2.0 Python)

    「pyenv shell anaconda3-5.2.0」は、anaconda3-5.2.0 のPythonの使用を開始するためのコマンド

    pyenv shell anaconda3-5.2.0
    python 
    print(1 + 2)
    exit()
    

  8. 試しに spyder を起動してみる
    pyenv shell anaconda3-5.2.0
    spyder
    

    spyder の画面が開くことを確認する


pyenv を用いて Python 2.7.15 のインストール

  1. 新しく端末を開く

  2. システムの python のバージョンの確認
    which python
    python --version 
    

    Ubuntu 18.04 での実行結果の例

  3. インストールするPython のバージョンの確認 (decide the version)
    pyenv rehash 
    pyenv install -l 
    

  4. インストールできる Python 2 のバージョンの確認
    pyenv install -l | grep 2.
    

  5. Python 2.7.15 のインストールと設定 (Install Python 2.7.15 and Settings)
    pyenv install 2.7.15 
    

  6. 確認 (Examine the python versions)
    pyenv versions
    

    複数のPython がインストールされていることが分かる。

    使用する Python の切り替えは 次のコマンドで行う

    • pyenv shell system
    • pyenv shell 2.7.15
    • pyenv shell anaconda3-5.2.0

  7. 試しに Python を起動してみる (Try to launch Python)
    pyenv shell 2.7.15
    python 
    print(1 + 2)
    exit()
    pyenv shell anaconda3-5.2.0
    python 
    print(1 + 2)
    exit()
    

  8. (オプション)デフォルトで使用する Python の設定 (optionally, setting of default python)

pyenv の確認 (Examine pyenv)

  1. 新しく端末を開く

  2. ~/.pyenv/versions ディレクトリ (~/.pyenv/versions directory)
    ls ~/.pyenv/versions
    

  3. pyenv により、pip と easy_install も設定される (pyenv do setting up easy_install and pip)
    which pip
    which easy_install
    

  4. Python のパッケージも同時にインストールされる (Python packages are also installed)
    pyenv shell 2.7.15
    which pip
    which easy_install
    pip list
    

    pyenv shell anaconda3-5.2.0
    which pip
    which easy_install
    pip list
    


pyenv の Anaconda 5.2.0 環境での各種パッケージのインストール

  1. まずは,Anaconda に、最新の conda-build パッケージが欲しい.次のコマンドを実行

    ※ conda-buildパッケージは,condaパッケージを自前で作成するなどが簡単にできるためのツール.

    pyenv shell anaconda3-5.2.0
    conda install -y conda-build
    

    ※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら, y + Enter で続行する.「反応が遅いなあ」と思ったら、Enter キーを押してみる.

  2. pip の更新 (Update pip)
    cd /tmp
    sudo rm -f get-pip.py
    wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
    python get-pip.py
    

  3. setuptools, conda, conda-build の更新 (Update setuptools, conda and conda-build)
    conda update -y setuptools
    conda update -y conda
    conda update -y conda-build
    

    ※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら, y + Enter で続行する.「反応が遅いなあ」と思ったら、Enterキーを押してみる.

  4. 各種パッケージのインストール

    Anaconda では,「conda」という形式の Python のパッケージも、簡単に扱うことができる. Python のパッケージを追加することで,Python にいろいろな機能を追加することができる.conda を用いてPythonパッケージ以外のソフトウエアをインストールすることもできる

    次のコマンドを実行

    pyenv shell anaconda3-5.2.0
    conda update -y --all
    conda install -y numpy
    conda install -y six
    conda install -y protobuf
    conda install -y pillow
    conda install -y hdf5
    conda install -y h5py
    conda install -y chainer
    #
    conda install -y scikit-learn
    conda install -y scikit-image
    conda install -y matplotlib
    conda install -y seaborn
    conda install -y graphviz
    conda install -y pydot
    conda install -y yaml
    conda install -y flask
    conda install -y django
    conda install -y sympy
    conda install -y pandas
    conda install -y sqlite
    conda install -y redis
    conda install -y scipy
    conda install -y gensim
    conda install -y cython
    conda install -y opencv
    conda install -y pylint
    conda install -y bz2file
    conda install -y PyOpenGL 
    conda install -y ipykernel
    # pip install ... か  github を使うもの
    #  最初の conda ... は、下の pip でいれているものの前提ソフトウエア
    conda install -y termcolor astor wheel setuptools six protobuf werkzeug markdown absl-py grpcio gast future six click cligj click-plugins munch fiona python-dateutil pytz pyproj shapely 
    pip install git+https://github.com/msgpack/msgpack-python
    pip install git+https://github.com/davisking/dlib
    pip install --ignore-installed --upgrade tensorflow 
    pip install git+https://github.com/keras-team/keras
    pip install --ignore-installed --upgrade pyglet
    pip install --ignore-installed --upgrade pygame
    pip install --ignore-installed --upgrade cocos2d
    pip install --ignore-installed --upgrade geopandas
    pip install git+https://github.com/DinoTools/python-overpy
    # conda-forge か pip install git+https://github... でインストールするもの
    pip install git+https://github.com/python-visualization/folium
    conda install -y -c conda-forge exifread
    conda install -y -c conda-forge haversine
    conda install -y -c conda-forge utm
    conda install -y -c conda-forge gdal
    #again
    conda install -y conda
    conda update -y --all
    

    ※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら, y + Enter で続行する.「反応が遅いなあ」と思ったら、Enterキーを押してみる.


pyenv の Anaconda 5.2.0 環境で spyder 開発版 のインストール

https://github.com/spyder-ide/spyder に記載の手順に従う

pyenv shell anaconda3-5.2.0
pip install PyQt5
pip install git+https://github.com/spyder-ide/spyder-kernels
pip install git+https://github.com/spyder-ide/qtpy
cd /tmp
git clone https://github.com/spyder-ide/spyder.git
cd spyder 
git pull 
python bootstrap.py
python setup.py install 

spyder」で、試しに起動してみる.


pyenv の Anaconda 5.2.0 環境で SWIG を使ってみる

  1. SWIG のインストール (Install swig)
    sudo apt -yV install swig
    

  2. プログラムファイルの作成

    http://www.swig.org/Doc1.3/Python.html#Python_nn6 に記載のサンプルプログラム

  3. 新しく端末を開く

  4. プログラムファイルから、Python で実行可能にするためのファイルを作る

    端末で次のように操作

    pyenv shell anaconda3-5.2.0
    swig -python example.i
    python setup.py build_ext --inplace
    ls -la example.* build 
    

  5. python 処理系を起動し、次のプログラムを試してみる
    import example
    example.fact(4)
    exit()
    


Python 3.6 系での既知のバグ

参考Webページ https://qiita.com/ruteshi_SI_shiteru/items/be6a58276bdbd67dc096

~/.pyenv/versions/anaconda3-5.2.0/pkgs/pip-9.0.3-py36_0/lib/python3.6/site-packages/pip/compat/__init__.py をエディタで修正.

※ 「pip-9.0.3-py36_0」のところは違うかも.

修正前

修正後

修正前

修正後


pyenv の Python 2.7.15 環境での各種パッケージのインストール

  1. まずは,pip の更新
    pyenv shell 2.7.15
    cd /tmp
    sudo rm -f get-pip.py
    wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
    python get-pip.py
    

    ※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら, y + Enter で続行する.「反応が遅いなあ」と思ったら、Enter キーを押してみる.

  2. 各種パッケージのインストール

    次のコマンドを実行. pip を利用.sudo は付けない.

    pyenv shell 2.7.15
    pip install --ignore-installed --upgrade numpy
    pip install --ignore-installed --upgrade six
    pip install --ignore-installed --upgrade protobuf
    pip install --ignore-installed --upgrade pillow
    pip install --ignore-installed --upgrade hdf5
    pip install --ignore-installed --upgrade h5py
    pip install --ignore-installed --upgrade chainer
    #
    pip install --ignore-installed --upgrade scikit-learn
    pip install --ignore-installed --upgrade scikit-image
    pip install --ignore-installed --upgrade matplotlib
    pip install --ignore-installed --upgrade seaborn
    pip install --ignore-installed --upgrade graphviz
    pip install --ignore-installed --upgrade pydot
    pip install --ignore-installed --upgrade yaml
    pip install --ignore-installed --upgrade flask
    pip install --ignore-installed --upgrade django
    pip install --ignore-installed --upgrade sympy
    pip install --ignore-installed --upgrade pandas
    pip install --ignore-installed --upgrade sqlite
    pip install --ignore-installed --upgrade redis
    pip install --ignore-installed --upgrade scipy
    pip install --ignore-installed --upgrade gensim
    pip install --ignore-installed --upgrade cython
    pip install --ignore-installed --upgrade opencv
    pip install --ignore-installed --upgrade pylint
    pip install --ignore-installed --upgrade bz2file
    pip install --ignore-installed --upgrade PyOpenGL 
    pip install --ignore-installed --upgrade ipykernel
    # pip install ... か  github を使うもの
    #  最初の conda ... は、下の pip でいれているものの前提ソフトウエア
    pip install --ignore-installed --upgrade termcolor astor wheel setuptools six protobuf werkzeug markdown absl-py grpcio gast future six click cligj click-plugins munch fiona python-dateutil pytz pyproj shapely 
    pip install git+https://github.com/msgpack/msgpack-python
    pip install git+https://github.com/davisking/dlib
    pip install --ignore-installed --upgrade tensorflow 
    pip install git+https://github.com/keras-team/keras
    pip install --ignore-installed --upgrade pyglet
    pip install --ignore-installed --upgrade pygame
    pip install --ignore-installed --upgrade cocos2d
    pip install --ignore-installed --upgrade geopandas
    pip install git+https://github.com/DinoTools/python-overpy
    # conda-forge か pip install git+https://github... でインストールするもの
    pip install git+https://github.com/python-visualization/folium
    pip install --ignore-installed --upgrade exifread
    pip install --ignore-installed --upgrade haversine
    pip install --ignore-installed --upgrade utm
    # pip install --ignore-installed --upgrade gdal
    #again
    pip install --ignore-installed --upgrade conda
    

    ※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら, y + Enter で続行する.「反応が遅いなあ」と思ったら、Enterキーを押してみる.