Ubuntu で pyenv, Anaconda 5.3.0, Python 2.7.15, 各種パッケージのインストール

ここで行うこと． pyenv をインストールする．pyenv の配下に Anaconda 5.3.0 (Python 3.6 同封）、Python 2.7.15 をインストールする．それらにパッケージを追加する．

前準備 (preparation)
pyenv のインストールと設定 (Install pyenv, and its settings)
pyenv を用いて Anaconda 5.3.0 のインストール
pyenv を用いて Python 2.7.15 のインストール
pyenv の確認 (Examine pyenv)
pyenv の Anaconda 5.3.0 環境での各種パッケージのインストール
pyenv の Anaconda 5.3.0 環境で spyder 開発版のインストール
pyenv の Anaconda 5.3.0 環境で SWIG を使ってみる
Python 3.6 系での既知のバグ
pyenv の Python 2.7.15 環境での各種パッケージのインストール
(オプション) Ubuntu 版 Graphviz のインストール (Optionally, Install Graphviz for Ubuntu)
Python パッケージのインストール (Install / Upgrade Recommended Python Packages)

サイト内の関連 Web ページ:

前準備

Ubuntu のシステム更新

次のコマンドを実行．

sudo apt update
sudo apt -yV upgrade
sudo apt -yV dist-upgrade
sudo apt -yV autoremove
sudo apt autoclean
sudo shutdown -r now

git, cmake, wget, 7zip のインストール

次のコマンドを実行．

sudo apt -yV install git cmake wget p7zip

pyenv のインストールと設定

pyenv のダウンロード (Download pyenv)

cd /tmp git clone https://github.com/pyenv/pyenv.git ~/.pyenv

pyenv の更新 (Updata pyenv)
cd ~/.pyenv git pull

pyenv の設定 (Settings of pyenv)

echo 'export PYENV_ROOT="${HOME}/.pyenv"' >> ~/.bashrc echo 'if [ -d "${PYENV_ROOT}" ]; then' >> ~/.bashrc echo ' export PATH=${PYENV_ROOT}/bin:$PATH' >> ~/.bashrc echo ' eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.bashrc echo 'fi' >> ~/.bashrc exec $SHELL -l

pyenv を用いて Anaconda 5.3.0 のインストール

新しく端末を開く
インストールするPython のバージョンの確認 (decide the version)
pyenv rehash pyenv install -l
インストールできる Anaconda のバージョンの確認 (Anaconda Versions)
pyenv install -l | grep anaconda

Anaconda の前提ソフトウエアのインストール (Install libraries)

sudo apt -yV install libbz2-dev libsqlite3-dev libssl-dev libreadline-dev libpng-dev libjpeg-dev zlib1g-dev libx11-dev libfreetype6-dev

Anaconda の最新版のインストールと設定 (Install Anaconda latest version)
下の実行例では anaconda3-5.3.0 をインストールしている
pyenv install anaconda3-5.3.0
確認 (Examine the python versions)
pyenv versions
「anaconda3-5.3.0」がインストールされたことが分かる
試しに、anaconda3-5.3.0 のPython を起動してみる (Try to launch anaconda3-5.3.0 Python)
「pyenv shell anaconda3-5.3.0」は、anaconda3-5.3.0 のPythonの使用を開始するためのコマンド
pyenv shell anaconda3-5.3.0 python print(1 + 2) exit()
試しに spyder を起動してみる
pyenv shell anaconda3-5.3.0 spyder
spyder の画面が開くことを確認する

pyenv を用いて Python 2.7.15 のインストール

新しく端末を開く
システムの python のバージョンの確認
which python python --version
Ubuntu 18.04 での実行結果の例
インストールするPython のバージョンの確認 (decide the version)
pyenv rehash pyenv install -l
インストールできる Python 2 のバージョンの確認
pyenv install -l | grep 2.
Python 2.7.15 のインストールと設定 (Install Python 2.7.15 and Settings)
pyenv install 2.7.15
確認 (Examine the python versions)
pyenv versions
複数のPython がインストールされていることが分かる。
使用する Python の切り替えは次のコマンドで行う
- pyenv shell system
- pyenv shell 2.7.15
- pyenv shell anaconda3-5.3.0

試しに Python を起動してみる (Try to launch Python)

pyenv shell 2.7.15 python print(1 + 2) exit() pyenv shell anaconda3-5.3.0 python print(1 + 2) exit()

（オプション）デフォルトで使用する Python の設定　(optionally, setting of default python)
- デフォルトで pyenv 配下の python 2.7.15 を使いたいときの設定
  echo 'pyenv shell 2.7.15' >> ~/.bashrc exec $SHELL -l
- デフォルトで pyenv 配下の anaconda3-5.3.0 を使いたいときの設定
  echo 'pyenv shell anaconda3-5.3.0' >> ~/.bashrc exec $SHELL -l

pyenv の確認 (Examine pyenv)

新しく端末を開く
~/.pyenv/versions ディレクトリ (~/.pyenv/versions directory)
ls ~/.pyenv/versions
pyenv により、pip と easy_install も設定される (pyenv do setting up easy_install and pip)
which pip which easy_install

Python のパッケージも同時にインストールされる (Python packages are also installed)

pyenv shell 2.7.15 which pip which easy_install pip list

pyenv shell anaconda3-5.3.0 which pip which easy_install pip list

pyenv の Anaconda 5.3.0 環境での各種パッケージのインストール

まずは，Anaconda に、最新の conda-build パッケージが欲しい．次のコマンドを実行
※ conda-buildパッケージは，condaパッケージを自前で作成するなどが簡単にできるためのツール．
```
pyenv shell anaconda3-5.3.0
conda install -y conda-build
```
※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら， y + Enter で続行する．「反応が遅いなあ」と思ったら、Enter キーを押してみる．

pip の更新 (Update pip)

cd /tmp
sudo rm -f get-pip.py
wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
python get-pip.py

setuptools, conda, conda-build の更新 (Update setuptools, conda and conda-build)
```
conda update -y setuptools
conda update -y conda
conda update -y conda-build
```
※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら， y + Enter で続行する．「反応が遅いなあ」と思ったら、Enterキーを押してみる．
gcc_linux, gxx_linux のインストール・インストール済みパッケージの更新
```
conda install -y gcc_linux-64
conda install -y gxx_linux-64
conda update -y --all
```

各種パッケージのインストール

Anaconda では，「conda」という形式の Python のパッケージも、簡単に扱うことができる． Python のパッケージを追加することで，Python にいろいろな機能を追加することができる．conda を用いてPythonパッケージ以外のソフトウエアをインストールすることもできる

次のコマンドを実行

pyenv shell anaconda3-5.3.0
conda install -y numpy
conda install -y six
conda install -y protobuf
conda install -y pillow
conda install -y hdf5
conda install -y h5py
conda install -y chainer
#
conda install -y scikit-learn
conda install -y scikit-image
conda install -y matplotlib
conda install -y seaborn
conda install -y graphviz
conda install -y pydot
conda install -y yaml
conda install -y flask
conda install -y django
conda install -y sympy
conda install -y pandas
conda install -y sqlite
conda install -y redis
conda install -y scipy
conda install -y gensim
conda install -y cython
conda install -y opencv
conda install -y pylint
conda install -y bz2file
conda install -y PyOpenGL 
conda install -y ipykernel
# pip install ... か  github を使うもの
#  最初の conda ... は、下の pip でいれているものの前提ソフトウエア
conda install -y termcolor astor wheel setuptools six protobuf werkzeug markdown absl-py grpcio gast future six click cligj click-plugins munch fiona python-dateutil pytz pyproj shapely 
pip install git+https://github.com/msgpack/msgpack-python
pip install git+https://github.com/davisking/dlib
pip install git+https://github.com/ageitgey/face_recognition
pip install git+https://github.com/jrosebr1/imutils
pip install --ignore-installed --upgrade tensorflow 
pip install git+https://github.com/keras-team/keras
pip install --ignore-installed --upgrade pyglet
pip install --ignore-installed --upgrade pygame
pip install --ignore-installed --upgrade cocos2d
pip install --ignore-installed --upgrade geopandas
pip install git+https://github.com/DinoTools/python-overpy
# conda-forge か pip install git+https://github... でインストールするもの
pip install git+https://github.com/python-visualization/folium
conda install -y -c conda-forge exifread
conda install -y -c conda-forge haversine
conda install -y -c conda-forge utm
conda install -y -c conda-forge gdal
#again
conda install -y conda
conda update -y --all

※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら， y + Enter で続行する．「反応が遅いなあ」と思ったら、Enterキーを押してみる．

pyenv の Anaconda 5.3.0 環境で spyder 開発版のインストール

https://github.com/spyder-ide/spyder に記載の手順に従う

pyenv shell anaconda3-5.3.0 pip install PyQt5 pip install git+https://github.com/spyder-ide/spyder-kernels pip install git+https://github.com/spyder-ide/qtpy cd /tmp git clone https://github.com/spyder-ide/spyder.git cd spyder git pull python bootstrap.py python setup.py install

「spyder」で、試しに起動してみる．

pyenv の Anaconda 5.3.0 環境で SWIG を使ってみる

SWIG のインストール (Install swig)
sudo apt -yV install swig

プログラムファイルの作成

http://www.swig.org/Doc1.3/Python.html#Python_nn6 に記載のサンプルプログラム

example.i


%module example
%{
#define SWIG_FILE_WITH_INIT
#include "example.h"
%}
int fact(int n);

example.c


#include "example.h"
int fact(int n) {
    if (n < 0){ /* This should probably return an error, but this is simpler */
        return 0;
    }
    if (n == 0) {
        return 1;
    }
    else {
        /* testing for overflow would be a good idea here */
        return n * fact(n-1);
    }
}

example.h
int fact(int n);

setup.py


#!/usr/bin/env python
"""
setup.py file for SWIG example
"""
from distutils.core import setup, Extension
example_module = Extension('_example',
                           sources=['example_wrap.c', 'example.c'],
                           )
setup (name = 'example',
       version = '0.1',
       author      = "SWIG Docs",
       description = """Simple swig example from docs""",
       ext_modules = [example_module],
       py_modules = ["example"],
       )

新しく端末を開く
プログラムファイルから、Python で実行可能にするためのファイルを作る
端末で次のように操作
pyenv shell anaconda3-5.3.0 swig -python example.i python setup.py build_ext --inplace ls -la example.* build
python 処理系を起動し、次のプログラムを試してみる
import example example.fact(4) exit()

Python 3.6 系での既知のバグ

参考Webページ https://qiita.com/ruteshi_SI_shiteru/items/be6a58276bdbd67dc096

~/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.0/pkgs/pip-9.0.3-py36_0/lib/python3.6/site-packages/pip/compat/__init__.py をエディタで修正．

※ 「pip-9.0.3-py36_0」のところは違うかも．

修正前

修正後

修正前

修正後

pyenv の Python 2.7.15 環境での各種パッケージのインストール

まずは，pip の更新
```
pyenv shell 2.7.15
cd /tmp
sudo rm -f get-pip.py
wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
python get-pip.py
```
※ 「Proceed ([y]/n)?」と表示されたら， y + Enter で続行する．「反応が遅いなあ」と思ったら、Enter キーを押してみる．