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金子邦彦研究室

FreeSurfer バージョン 5.0.0 のインストール (Linux 上にインストール）

FreeSurfer のダウンロードとライセンスの取得

1. FreeSurfer Wiki の Web ページを開く

   http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki

2. 「FreeSurfer download and install」をクリック
3. 登録したいので「Registration」をクリック
4. ライセンス条項を確認したいので「Follow this link to read the licensing agreement」をクリック
5. ライセンス条項の確認

   ＜要点＞ 商用目的では使用不可．再配布には条件が付く. 必ずライセンス条項を熟読する．安易な再配布は厳禁．
6. 元のページに戻り「Follow this ling to obtain a license key」をクリック
7. ライセンスを取得するために，フォームに記入
8. 記入の完了
9. 電子メールで FreeSurfer のライセンスが送られてくるので、確認する
10. .license というファイルを作り，送られてきた電子メールの中のライセンス情報（３行分）を貼り付ける
11. ダウンロード

    http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Download

    ※ 巨大ですので，何度も同じところからダウンロードしないように気を付けましょう．

インストール

ライセンス条項の確認，ライセンスの取得を行っておくこと．

フリーソフトウエアではない．特に注意すべきことは，再配布しないこと（友達のパソコンに代理でインストールするのも NG）．商用利用は慎むこと．

インストールは， http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/LinuxInstallに記載の手順に従う．

■ Fedora 13 での実行例

1. 解凍

   cd /usr/local
   tar -xvzof freesurfer-Linux-centos-stable-pub-v5.0.0-full.tar.gz
   
2. perl ファイルのコピー

   cd /usr/local/freesurfer/mni/lib/perl5/5.8.5
   mkdir /usr/lib/perl5/site_perl
   cp *.pm *.pod */*.pm */*.pod /usr/lib/perl5/site_perl
   tar -cvpf /tmp/a.tar
   cd /usr/lib/perl5/site_perl
   tar -xvpf /tmp/a.tar
   

3. .bashrc の設定

   .bashrc を次のように設定する．

   export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
   export PATH=$PATH:$FREESURFER_HOME/bin:$FREESURFER_HOME/mni/bin:$FREESURFER_HOME/fsfast/bin
   export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects
   

   .cshrc を使っている場合は，.cshrc を次のように設定する

   setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer
   setenv PATH $PATH:$FREESURFER_HOME/bin
   setenv SUBJECTS_DIR $FREESURFER_HOME/subjects
   

   /etc/ld.so.conf の設定も行う．