Alphafold のインストール（Ubuntu 上）（書きかけ）

前準備

Ubuntu のシステム更新

Ubuntu で OS のシステム更新を行うときは， 端末で，次のコマンドを実行する．

Ubuntu で OS のシステム更新を行うときは， 端末で，次のコマンドを実行する。これは、パッケージ情報を最新の状態に保ち、インストール済みのパッケージをセキュリティアップデートやバグ修正を含めて更新するためである。

# パッケージリストの情報を更新
sudo apt update
# インストール済みのパッケージを包括的に更新 (依存関係も考慮)
sudo apt full-upgrade
# カーネル更新等で実際に再起動が必要な場合のみ実行を推奨
# sudo shutdown -r now

Alphafold のインストール（Ubuntu 上）

https://github.com/deepmind/alphafold に記載の手順に従う．

1. Alphafold のソースコードと reduced データベースのダウンロード

   cd /usr/local
   sudo rm -rf alphafold
   sudo git clone https://github.com/deepmind/alphafold.git
   sudo chown -R $USER alphafold
   
   sudo apt install -y aria2
   
   sudo mkdir /usr/local/reduced_genetic_db
   sudo chown $USER /usr/local/reduced_genetic_db
   cd /usr/local/alphafold
   scripts/download_all_data.sh /usr/local/reduced_genetic_db reduced_dbs
   

2. 前提ソフトウエアのインストール

   pip3 install -r docker/requirements.txt
   

   エラーメッセージが出たので，ここであきらめた．

   
3. Alphafold を実行してみる（書きかけ）

   「your_protein.fasta」のところには FASTA ファイル名を指定．

   python3 docker/run_docker.py \
     --fasta_paths=your_protein.fasta \
     --max_template_date=2022-01-01 \
     --data_dir=/usr/local/reduced_genetic_db \
     --output_dir=/home/user/absolute_path_to_the_output_dir